出来上がった問題は、大学入試センターの「教科科目第二委員会」に所属している、第一委員会での委員経験のある、国公私立の大学教員や学識経験者などの約100人によって点検される。出題科目ごとに計21の点検部会が置かれており、ここでは構成や内容、解答、用字・用語などの点検が行われる。続いて、国公私立の大学教員や学識経験者などで構成される「教科科目第三委員会」で形式や表現、各科目間での整合性、重複などの点検が行われる。また、点検協力者として、難易度や出題範囲が学習指導要領から逸脱していないかを確認するため、少数ではあるが高校の教員も参加している。

点検が行われた問題は印刷に回され、24時間厳重に警備されている保管倉庫に一旦保管される。その後、試験数日前に全国約700の会場に送られて、当日まで厳重に保管される。ここまでの過程で、全体で数千人が関わってくる。なお、問題用紙の試験場までの輸送も特別な専用車を用いて、警備員常駐で輸送されている。また、大学入試センターは警察庁や各都道府県の警察に対して、試験問題の輸送時における警備協力の要請を行っている

都道府県によって内申書の取り扱いはまちまちであり、内申点を重視する都道府県もあれば、学力検査の点数の比重が高い都道府県もある。また宮城県のように内申点と学力試験の比率を明らかにしない県もある。同じ都道府県内でも、学校によって学力と内申の比率を独自に設定している場合もある。中学3年次の成績のみで判断される場合や、1、2年次の成績もあわせて判断される場合がある。

内申点における実技科目の加点は県によってかなり違いがある。主要5教科と比較し、実技科目では筆記試験の他に判断する人間の主観等が入りやすい実技により点数がつけられるため、やや客観性に欠けるきらいがあるのは否めない。内申点において実技科目の加点が大きい県は大分県（中3時は6倍加点）・高知県・香川県・徳島県・広島県・島根県・和歌山県・京都府・兵庫県・福島県・宮城県・沖縄県となっている（平成19年度入試時点）。

高校受験において学力検査よりも内申点の扱いが低い静岡県・茨城県・埼玉県などでは公立高校の大学進学実績がよい。また、内申点と学力検査をほぼ同等に扱う広島県において、合格定員の20%は内申点:学力検査=2:8で計算し合格者を出したところ、大学進学実績が急激に伸びた高校がある。高校受験における内申点の比率が大学進学実績に関係しているか否か興味深いところである。

中高一貫教育などにおける、併設・連携中学校からの入学（内部進学）では筆記試験による学力検査が課されないこともある。また、通信制高校などの場合、そもそも入学者の選抜自体が行われないこともある。

入試は大きく分けて、一般入試と推薦入試の2つがある。一般入試では学力と内申書を、推薦入試では内申書や学校外活動実績などを用いて合否が判断される。推薦入試においては面接や小論文などを科す学校もある。一般的には、推薦入試は一般入試よりも先に行なわれる。推薦を前期日程、一般を後期日程と呼ぶ県もある。広島県では検査自体を選抜と呼んでいるため、推薦を選抜I、一般を選抜II、二次募集を選抜IIIと呼んでいる。